Bioinformatiker (m/w/d)

Über uns

Das Leibniz-Institut für Gartenbauwissenschaften (IGZ) betreibt exzellente pflanzenwissenschaftliche Grundlagenforschung für die Anwendung im Gartenbau mit Schwerpunkt Gemüse und der Nutzung pflanzlicher Diversität. Das IGZ ist Teil der Leibniz-Gemeinschaft und hat seinen Sitz in Großbeeren. Weitere Informationen finden Sie auf unserer Webseite: www.igzev.de .

Im Institut ist ab dem 01.02.2027, befristet auf zwei Jahre, in der Forschungsgruppe „System Pflanze-Mikroorganismen“ im Rahmen des DFG-geförderten Verbundvorhabens „Vielschichtiger Datenkorpus für KI-Anwendungen in der Mikrobiellen Ökologie“ (MuCoME, Förderung im Rahmen „Wissenschaftliche Literaturversorgungs- und Informationssysteme“ [LIS] der DFG) folgende Stelle zu besetzen:

Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in (w/m/d) im Bereich Metabarcoding-Datenkuratierung und Bioinformatik
Kennziffer: 18/2026/2
Die Vergütung erfolgt entsprechend der Qualifikation und Erfahrung nach dem Tarifvertrag TV-L, bis zur Entgeltgruppe 13, in Teilzeit mit 80 % der regulären Arbeitszeit.

Das Projekt erweitert die Microbial Community Database (MiCoDa, https://micoda.idiv.de/ ) zu einem umfassenden, KI-tauglichen Datenkorpus für die mikrobielle Metabarcoding-Forschung. Gemeinsam mit Partnern am IOW (Warnemünde) und der Hochschule Wismar werden Methoden zur Extraktion und Harmonisierung unstrukturierter Metadaten aus Publikationen sowie zur Kuratierung und Harmonisierung von 16S-rRNA-Metabarcoding-Sequenzdaten entwickelt, mit dem Ziel, MiCoDa auf mindestens 200.000 Proben zu erweitern und den öffentlichen Zugang über MiCoDa, GBIF und ENA zu verbessern.

Zusammenstellung eines Referenzdatensatzes aus 16S-rRNA-Gen-Metabarcoding-Daten von Mock-Communities aus INSDC-Datenbanken sowie durch strukturierte Literaturrecherche
Untersuchung, wie technische Entscheidungen die Vergleichbarkeit archivierter Datensätze beeinflussen
Automatisierung der Kuratierung und Harmonisierung von Metabarcoding-Daten
Anleitung und Betreuung einer studentischen Hilfskraft bei der Datenkuratierung
Mitwirkung an der Kommunikation mit der European Nucleotide Archive
Verfassen wissenschaftlicher Publikationen in internationalen Fachzeitschriften mit Peer-Review und Präsentation der Ergebnisse auf Konferenzen

eine abgeschlossene Promotion mit bioinformatischem Schwerpunkt oder einem verwandten naturwissenschaftlichen Fach
Erfahrung in der bioinformatischen Analyse von 16S-rRNA-Metabarcoding-Daten (z. B. dada2) und im Umgang mit öffentlichen Sequenzarchiven (ENA / INSDC)
Erfahrung mit statistischen Analysen (idealerweise gemischte Modelle) und mit Hochleistungsrechenumgebungen
Programmierkenntnisse (R und/oder Python) sowie idealerweise Erfahrung mit Workflow-Management
verhandlungssichere englische Sprachkenntnisse; Kenntnisse in der deutschen Sprache sind von Vorteil
eine offene, flexible und positive Person, die in einem interdisziplinären, internationalen Team arbeiten kann, aber auch in der Lage ist, die Initiative zu ergreifen

einen attraktiven Arbeitsplatz an einem modernen Forschungsinstitut für Gartenbauwissenschaften
ein engagiertes und kompetentes Team und eine anspruchsvolle Tätigkeit an der Schnittstelle von Bioinformatik, Datenmanagement und mikrobieller Ökologie
die Einbindung in ein Konsortium mit Partnern am IOW und der Hochschule Wismar sowie Anschluss an die NFDI-Konsortien 4Biodiversity und 4Microbiota
flexible und familiengerechte Arbeitszeitmodelle und die Möglichkeit des mobilen Arbeitens (bis zu 50 % der Arbeitszeit)
VBL Ost-betriebliche Altersvorsorge im öffentlichen Dienst sowie tarifliche Jahressonderzahlung und 30 Tage Urlaub pro Jahr
Zuschuss zum Firmenticket für den öffentlichen Nahverkehr oder zum Deutschlandticket